Пауль Флеминг родился в 1609 г. в небольшом городе Гартенштейн в семье священнослужителя. Начальное образование мальчик получил в городской школе, а когда ему исполнилось двенадцать лет, отец отправил его в Лейпциг. С 1628 по 1633 г. Пауль изучал в Лейпцигском университете философию и медицину.